ترك الإمام الخميني قدس سره بعد رحيله عشرات الكتب والمصنّفات القيّمة في البحوث الأخلاقية والعرفانية والفقهية والأصولية والفلسفية والسياسية والاجتماعية، وأن العديد منها لم يرّ النور حتى الآن. وممّا يؤسف له أن عدداً من رسائل الإمام ومؤلّفاته النفسية فقدت أثناء تنقّلاته من منزل مستأجر إلى آخر، وخلال مداهمات أزلام السافك المتكررة لمنزله ومكتبته الشخصية.
وفيما يلي فهرس بعناوين مؤلّفات الإمام الخميني قدس سره وتصانيفه نوردها طبقاً لتاريخ تأليفها. علماً أن أي واحد من هذه المصنّفات بحاجة إلى شرح مسهب للتعريف به:
شرح دعاء السحر.
شرح حديث رأس الجالوت.
حاشية الإمام على شرح حديث رأس الجالوت.
الحاشية على شرح الفوائد الرضوية.
شرح حديث جنود العقل والجهل.
مصباح الهداية إلى الخلافة والولاية.
الحاشية على شرح نصوص الحكم.
الحاشية على مصباح الأنس.
شرح الأربعين حديثاً.
سرّ الصلاة (صلاة العارفين ومعراج السالكين).
آداب الصلاة.
رسالة لقاء الله.
الحاشية على الأسفار.
كشف الأسرار.
أنوار الهداية في التعليقة على الكفاية (جزءان).
بدائع الدرر في قاعدة نفي الضرر.
رسالة الاستصحاب.
رسالة في التعادل والتراجيح.
رسالة الاجتهاد والتقليد.
مناهج الوصول إلى علم الأصول (جزءان).
رسالة في الطلب والإرادة.
رسالة في التقية.
رسالة في قاعدة من ملك.
رسالة في تعيين الفجر في الليالي المقمرة.
كتاب الطهارة (أربعة أجزاء).
تعليقة على العروة الوثقى.
المكاسب المحرّمة (جزءان).
تعليقة على وسيلة النجاة.
رسالة نجاة العباد.
الحاشية على رسالة الإرث.
تقريرات درس الأصول لآية الله العظمى البروجردي.
تحرير الوسيلة (جزءان).
كتاب البيع (خمسة أجزاء).
الحكومة الإسلامية أو ولاية الفقيه.
كتاب الخلل في الصلاة.
الجهاد الأكبر أو جهاد النفس.
تقريرات دروس الإمام الخميني قدس سره.
توضيح المسائل (رسالة عملية).
تفسير سورة الحمد.
الاستفتاءات.
ديوان الشعر.
الرسائل العرفانية.
الوصية السياسية الإلهية.
هذا ويضمّ أرشيف مؤسسة تنظيم ونشر تراث الإمام الخميني قدس سره في الوقت الحاضر (1126) خطاباً، و(470) حكماً، و(367) رسالة موجّهة إلى شخصيات سياسية ودينية أجنبية، و(420) رسالة موجّهة إلى شخصيات إيرانية، و(350) بياناً، وسوف ترى النور بالتدريج في مجموعة كاملة تحمل عنوان "الكوثر". وتعدّ المجموعة المؤلّفة من (22) جزءاً التي حملت عنوان "صحيفة النور"، مضافاً إليها كتاب "مفتاح الصحيفة" وهو بمثابة فهرس لأجزاء الصحيفة الاثنين والعشرين، أشمل مجموعة صدرت حتى الآن ضمّت أحاديث سماحة الإمام الخميني قدس سره وبياناته وأحكامه ورسائله.
